The very concept of the question is in a way similar to the known Midrash in Breshis about rain on Shabbos.
אמר לו (טורנוסרופוס לר’ עקיבא): אם כדבריך שהקב”ה מכבד את השבת, אל ישב בה רוחות, אל יוריד בה גשמים, אל יצמיח בה עשב. אמר לו: תיפח רוחיה דההוא גברא. אמשול לך משל, לשנים שהיו דרין בחצר אחת, אם אין זה נותן עירוב וזה נותן עירוב, שמא מותרין לטלטל בחצר?! אבל אם היה אחד דר בחצר, הרי הוא מותר בכל החצר כולה. אף כאן הקב”ה, לפי שאין רשות אחרת עמו וכל העולם כולו שלו, מותר בכל עולם כולו
However, Rav Tzadok HaKohen of Lublin gives the following simple explanation:
אבל האמת דבשביתת הקב״ה הוא רק במלאכתו בששת ימי בראשית שזה נקרא מלאכה דידיו ומשנברא אדם מסר הכל בידו- וכל מה שנפעל בעולם אחר שנברא – הוא מעשה ידיהם של צדיקים
He is basically saying that all the above pertains to the original world created – all the other ones are being created through מעשה ידיהם של צדיקים and thus not included in שביתת הקב״ה.
See link below for the full mamar:
http://www.hebrewbooks.org/pdfpager.aspx?req=21327&st=&pgnum=10