“Isn’t the molad when the moon reappears?”
No. IT certainly doesnt refer to the visible new moon. the generally accepted definition is it refers to conjuction as you put it when the moon is at 0%. soem say it is a few moments after when the moon is “new” however the moon remains invisible for some time after the molad. (See R”H 20b where the Gemara says how long after the molad the moon remians invisible as understood by Rishonim there)
See Rambam kiddush hachodesh 6:1
בזמן שעושין על הראייה היו מחשבין ויודעין שעה שיתקבץ בו הירח עם החמה בדקדוק הרבה כדרך שהאיצטגנינין עושין. כדי לידע אם יראה הירח או לא יראה. ותחלת אותו החשבון הוא החשבון שמחשבין אותו בקירוב ויודעין שעת קיבוצן בלא דקדוק אלא במהלכם האמצעי הוא הנקרא מולד.