Its not a matter of “differences”. It is actually mentioned in Shu”A and based on the Gemara in Megila 24b, it was simply forgotten…lost within the years.
As the following in OC siman 128 :
מי שאינו יודע לחתוך האותיות כגון שאומר לאלפי”ן עייני”ן ולעייני”ן אלפי”ן וכיוצא בזה לא ישא את כפיו:
Mishna Brurah:
לאלפין עיינין – וה”ה מי שקורא לחיתי”ן ההי”ן או שקורא לשבולת סבולת ואם כל בני עירו קוראין כך מותר לישא כפים שם באותו מקום. ומטעם זה כתבו האחרונים דבזמנינו שרוב בני עמנו אין יודעים להבחין בין הברת העי”ן לאל”ף ממילא מותר לישא כפיו