It does NOT say that he was shofet for 40 years. Rather it says twice that he was shofet 20 years. The Radak discusses this and he is the one who cites a midrash which says that the second time it says it to indicate that the Plishtim were scared of him for twenty years after his petirah.
The Yerushalmi (Sotah) does, but it’s most likely a typo.
. כתוב אחד אומר וישפוט את ישראל מ’ שנה. וכתוב א’ אומר (שם) והוא שפט את ישראל ך’ שנה. אמר ר’ אחא מלמד שהיו הפלשתים יראים ממנו ך’ שנה לאחר מותו כדרך שהיו יראים ממנו ך’ שנה בחייו: